拔出內窺鏡后，立即用紗布蘸上洗滌液或多酶洗液擦拭插入部，拔下送氣、送水按鈕并放入洗滌液中，插入清洗專用按鈕，來回送氣送水，按下吸引按鈕座，來回吸引洗滌液與空氣。防止黏液干燥后難以清除，同時點檢內窺鏡的外觀。內窺鏡在入水前一定要戴上防水帽，并認真檢查防水帽是否蓋緊。防水帽要時刻確保處于干燥狀態，避免引起電氣接口潮濕使 EL 座接點腐蝕。手工清洗時要確認清洗工具沒有臟污，沒有磨損的劃痕、裂縫、扭曲、金屬與刷毛脫落等情況，避免對內窺鏡造成破損，清潔刷應保持平直，避免與按鈕安裝座產生摩擦。當天檢查結束后應進行漏水檢測，在水中測漏時不可安裝或拆除測漏器連接接口，避免內窺鏡進水，造成損壞，測漏結束后應充分排除鏡中氣體，避免彎曲外皮損壞。檢測完畢，須用壓縮空氣將活檢孔、吸引孔、送氣送水等管腔吹干，特別是電氣接點上的水分，然后垂直懸掛在干燥、溫度適中的地方，否則殘留的水分會使空氣中的細菌在內窺鏡內外繁殖，造成污染。